http://live.gnome.org/Dia
(opensource, es gibt ne Windows-Version, aber hat leider ne Gnome-Oberfläche und hat .. naja sagen wir tw. etwas eingeschränkte Funktionalität (z.b. Text Rotieren geht net) )
yED schaut auch ganz nett aus, ist gratis und in Java (aber leider net opensource), kann hierarchische Diagramme und automatisch Anordnen, aber dafür leider sonst net viel
http://www.yworks.com/en/products_yed_about.html
Heut hat mir ein Prof TikZ verraten, auf Nachfrage wie die eigentlich ihre Diagramme erstellen. Das sind Latex-Makros, die man direkt in Latex verwenden kann. Schaut ziemlich mächtig aus, auch wenn das runtertippen sicher net zu den angenehmeren Beschäftigungen zählt. Dafür kann man Mathe-Symbole gleich im Diagramm verwenden, ohne 'Screenshot-Technik..', und man kann Animationen in presentationen scripten und so Zeug. Sogar ein Interface zu Gnuplot gibts

http://www.texample.net/tikz/examples/